Apophis ist einer der mächtigsten Systemlords und der grösste Feind des SGC und der Erde. Er ist der Gemahl von Amaunet. Sein Hauptplanet ist Chulak, welcher ebenfalls der Heimatplanet von Teal’c ist. Teal’c ist zur Zeiten des Pilotfilmes noch der Primus von Apophis, als dann aber SG1 kommt, wechselt er auf die Seite des SGC und kämpft gegen die Unterdrückung seines Heimatplanetens. Apophis lässt sich dies nicht gefallen und erklärt Teal’c zum Shol’va, den Verräter. Später dann versucht Apophis mit zwei Goa’uld Mutterschiffen (Hatacs) eine Invasion auf die Erde, welche aber durch das SGC vereitelt wird. Seine beiden Mutterschiffe explodieren und er kann in höchster Not mit seinem Sohn Klorel nach Chulak entkommen. Aber seine Niederlage gegen die kleinen Tau’res (Menschen) spricht sich schnell herum und auf Chulak entsteht ein Aufstand gegen den falschen Gott. Angeführt wird diese durch den weisen Jaffa Bratak. Dieser Aufstand schwächt das Reich von Apophis schwer und als dann auch noch der ihm feindlich gesinnte Systemlord Sokar sein Reich angreift, ist Apophis verloren. So kommt es, das er von Sokar gefangen genommen und gefoltert wird. Mit Glück gelingt ihm eine Flucht von Sokars Mutterschiff und er stürzt mit einem Todesgleiter auf einen Planeten ab, wo ihn SG1 findet und auf die Erde mitnimmt. Dort wird der Todkranke Wirt, Apophis selbst ist inzwischen im Koma (wenn man dem so sagen kann), gepflegt. Als er dann stirbt, wird die Leiche Sokar übergeben, weil dieser dem SGC mit einem Angriff gedroht hat, wenn sie Apophis nicht herausrücken. Alle denken jetzt, dass jetzt das Ende von Apophis gekommen ist. Aber Sokar belebt ihn, wahrscheinlich mit Hilfe des Sarkophags wieder und schickt ihn auf seinen Gefängnismond Netu. Dort schmacht er dahin und schmiedet Rachepläne. Netu wird von Lord Bynarr beherrscht, Bynarr ist ein Handlanger von Sokar. Apophis tötet Bynarrs Primus Na’onak und nimmt dessen Stellung ein. Als dann SG1 nach Netu kommt um Selmak zu retten (in der Folge Jolinars Erinnerungen) sieht Apophis seine grosse Chance zur Rache. Er tötet Bynarr mit seiner Stabwaffe und wird somit Lord über Netu. Sokar hört von diesen Umwälzungen auf Netu und lässt sein Mutterschiff starten, um die Angelegenheit kontrollieren zu können. Die Tok’ra sprengen den Planeten mit einer Bombe (SG1 entkommt knapp). Apophis kann im letzten Moment auf Dolmak, den Hauptplaneten von Sokar, fliehen. Sokar stirbt bei der Explosion von Netu auf seinem Mutterschiff. Apophis ist nun an seine stelle getreten und übernimmt dessen Systeme und seine Armee. Er ist nun auf einen Schlag der mächtigste unter allen Systemlords geworden. 

Apophis ist nun zur absoluten Macht unter den Systemlords aufgestiegen. Nur noch eine Gefahr besteht für ihn: Heru’ur! Heru’ur führt eine Allianz der Systemlords gegen Apophis an. Apophis sieht ihn Heru’ur einen grossen Feind. Daher schlägt er Heru’ur eine Allianz vor. Diese besagt, dass Heru’ur und Apophis gemeinsam die anderen Systemlords vernichten. Als dank dafür soll Heru’ur seine Gebiete behalten können, dazu bekommt er noch die Gebiete von Cronos. Die beiden Goa’uld treffen sich in einem riesigen Minenfeld, um den Pakt zu beschliessen. Das Minenfeld gilt als neutrale Zone, da die Minen auf jegliche Schüsse reagieren und sofort den Urheber des Schusses neutralisieren. Der Pakt zwischen Heru’ur und Apophis schein besiegelt zu sein, als Heru’ur Apophis den Sho’va Teal’c als Geschenk anbieten will. Doch Teal’c befreit sich und es wird der Lord von Heru’ur an seiner Stelle zu Apophis geschickt. Zudem explodiert eine Mine, von Sg1 umgeleitet, an der Aussenwand von Apophis Schiff. Apophis sieht sich verraten und er zerstört das Hatac von Heru’ur. Somit stirbt Heru’ur. Da Apophis seine gesamte Flotte getarnt in das Minenfeld gebracht hatte, können diese Apophis zur Flucht verhelfen. Die Minen explodieren an den Schiffen von Apophis, währenddessen Apophis mit seinem Schiff in den Hyperraum springt.

Textpassage aus dem Totenbuch der Ägypter: 

Re ist in Frieden bewahrt, Apophis ist gefallen.